Margaret Newton wurde 1887 in Montreal geboren und begann ihre Karriere als Lehrerin. In dieser Zeit  erwachte ihr Interesse an einem Universitätsstudium. Zunächst war sie in Kunst eingeschrieben, beschloss aber, ihr Studienfach zu wechseln, nachdem sie ihren Bruder an der landwirtschaftlichen Fakultät der McGill University besucht hatte. Nach einer anfänglichen Ablehnung  erhielt sie schließlich doch eine Zulassung für den Studiengang Landwirtschaft.

Als Studentin musste sie Hindernisse überwinden, die Frauen den Zugang zu den Laboratorien verwehrten. Studentinnen durften abends nicht in Labors arbeiten und mussten um 22 Uhr in ihren Wohnheimen sein. Mit Hilfe ihres Mentors erwirkte sie die Erlaubnis von der Hochschule zu abendlichem Zugang zu den Labors, doch konnte sie keine Ausnahme von der abendlichen Ausgangssperre erreichen.

In ihrem zweiten Studienjahr interessierte sie sich für Mykologie, insbesondere für die Erforschung von Getreideschwarzrost, einem Pilz, der große Teile der Weizenernte vernichten kann. Kurz darauf lernte sie Charles Saunders kennen, einen Gartenbaufachmann des Dominion, der vor kurzem den Marquis-Weizen entwickelt hatte, eine neue Weizensorte, die den Weizenanbau in Kanada revolutionieren sollte. Saunders gab ihr etwas Marquis-Saatgut, das sie anbaute, um die Auswirkungen von Weizenrost auf diesen neuen Weizen zu untersuchen. Bei ihrer Arbeit, die fast ohne Aufsicht erfolgte, entdeckte sie die physiologische Spezialisierung – dass der Getreideschwarzrost aus mehr als einer Rasse besteht, die sich unterschiedlich stark auf den Weizen auswirken. Sie vertiefte ihre Forschung für ihre Abschlussarbeit und erwarb als erste Frau am Macdonald College einen Bachelor-Abschluss in Landwirtschaft.